Dentro de ANEA existen varios Grupos de Trabajo: zoología, botánica, educación ambiental, cultura y defensa del patrimonio histórico-artístico, energía, urbanismo, espacios naturales y ordenación del territorio, recursos naturales, turismo, valores humanos y sección juvenil e infantil.

Estas secciones están coordinadas por un miembro de la Junta Directiva, no remunerado. Para completar la organización de ANEA funcionan los Departamentos de Educación Ambiental, Impacto y Territorio, Turismo, Delegaciones, Socios y Voluntariado y Comunicación.